Nach Mutter Franziskas Absetzung bemerkte die neue Generaloberin die prekäre Gesundheit der Gründerin und lud sie ein, ihre Schwester Hedwig, eine treue Freundin der Schwestern, in Bamberg zu besuchen. Bei ihrem Wiedersehn in Deutschland, hatten die beiden Schwestern Gelegenheit, gemeinsam am Grab ihrer Eltern zu beten. Nach zwei Wochen kehrte Mutter Franziska nach Wien zurück, für 10 Tage Exerzitien, die von Pater Jacquemin, der aus Rom gekommen war, geleitet wurden. Am 15. Oktober 1896 begleitete die Generaloberin Mutter Franziska nach Rom, wo sie etwa neun Jahre lang im Mutterhaus blieb.

Für die Schwestern der gesamten Kongregation wurde die Absetzung von Mutter Franziska aus dem Amt der Generaloberin als ein Unglück erlebt. Sie alle schätzten sie für ihre Frömmigkeit, ihren Eifer, ihre Hingabe, ihren Opfergeist und ihre menschlichen Qualitäten. Sie hielten sie für eine heilige, von Gott erleuchtete Person. Durch die Art und Weise, wie sie selbst diese Situation lebte, ermutigt, sahen die Schwestern bald in der Veränderung die Hand der göttliche Vorsehung, die Mutter Franziska schon viele Male “auf ungewöhnliche Weise” geführt hatte. Sie erkannten, dass ihre Aufgabe nicht beendet war, sondern Mutter Franziska nun noch mehr als zuvor in Stille und Gebet ein Geschenk für die Kongregation war.

Sie war immer gut gelaunt und stand der neuen Generaloberin mit Rat zur Seite, die ihre Hilfe zu schätzen wusste. Viele Male zeigt sie ihre Freude darüber, für die Kongregation vor dem Tabernakel beten zu können, wo sie viele Stunden des Tages und der Nacht verbrachte. Jeden Tag betete sie den Kreuzweg und meditierte das Leiden Jesu. Zwei Jahre lang nahm sie aus gesundheitlichen Gründen nur am gemeinsamen Gebet und an der Rekreation teil, aber sobald es ihr besser ging, war sie für jede Hausarbeit bereit und offen für alle Notwendigkeiten. Gerne unterrichtete sie die Schwestern in Musik, belebte die Rekreation der Gemeinschaft und vermittelte allen Freude und brachte  so die Schönheit der Weihe zum Ausdruck. Frühmorgens ging sie zum Petersdom, um vor der Pieta zu beten, und dann weiter in die Kapelle des Allerheiligsten, um in Anbetung zu verweilebn; ihr Lieblingsplatz war die Kniebank vor dem Gitter der Kapelle.

Das Heilige Jahr 1900 ist war für sie eine außergewöhnliche Gelegenheit, den Geist der Buße und des Gebets zu erneuern. In der Fastenzeit besuchte sie die sieben Basiliken und andere Kirchen in Rom.

Den positiven Einfluss von Mutter Franziska im Mutterhaus fasste der Visitator von Papst Pius X. zusammen. Er gratulierte zum Geist, der in der Gemeinschaft herrschte, und ermutigte die Schwestern, weiterhin zufrieden und fröhlich zu sein.

Am 2. Juli 1905 wurde Mutter Franziska trotz ihres Alters von sechzig Jahren nach Castel Sant'Elia versetzt. Hier widmete sie sich mit jugendlicher Begeisterung der Fürsorge für die jüngsten und bedürftigsten Kinder. Sie klopfte an die Küchentür und bot an, der Köchin zu helfen. Wenn sie konnte, ging sie zum Wallfahrtskirchlein im Tal, stieg die vielen in den Tuffstein gehauenen Stufen hinab und verweilte in Gebet und Betrachtung vor dem Allerheiligsten Sakrament und vor dem Bild der Muttergottes. Der Prophet Elias, den sie in der Vision der beiden Berge im Karmel von Himmelspforten gesehen hatte, führte sie in die Betrachtung des Geheimnisses Gottes ein, das sie mit Frieden erfüllte. Den Schwestern, die sie auf dem in Amerika abgehaltenen Generalkapitel wieder als Generaloberin haben wollten, antwortete sie, dass sie jetzt mehr tun könne als zuvor, und sie dankte Gott, dass er sie von diesem Amt befreit hatte.