Nachdem sie von ihrem Amt als Generaloberin der Kongregation entbunden worden war - eine ungerechtfertigte Absetzung, sagten die Berater des Seligsprechungsprozesses - lebte Mutter Franziska neun Jahre lang im Mutterhaus in Rom und setzte damit einen klaren Zeichen für Gehorsam und Demut. Sie intensivierte ihr Innenleben und verband es, auf bewundernswerte Weise mit konstantem und schonungslosem  Dienst, um den Schwestern zu helfen, den Kindern und der Bevölkerung zu dienen, wie viele de visu- Zeugen (Augenzeugen) bestätigten. Während sie mit einzigartiger Zurückhaltung im Schatten blieb - jetzt erst recht! – “übte sie eine unwiderstehliche Faszination aus ... sie berührte die Seelen und gewann sie für das Evangelium”. 

Am 2. Juli 1905 wurde sie nach Castel Sant'Elia versetzt, einem kleinen Dorf etwa 50 km nördlich von Rom. Obwohl sie die Last der Jahre und die Erschöpfung einer schwachen Gesundheit spürte, kümmerte sie sich weiterhin um die jüngsten, ärmsten und kränksten Kinder. Die Menschen, die, wie Papst Franziskus sagt, ein Gespür für Gotte und die Heiligen haben, erkannten in ihr die Zeichen der barmherzigen Nächstenliebe gemäß des Evangeliums. Sie sahen, wie sie sich täglich den Bedürfnissen aller zuwandte, und gleichzeitig spürten sie, dass sie ganz in Gott verwurzelt war. Bald verlautete es im Volk: “Seht die Heilige!”.